La primera versión del plan de estudios fue elaborada en 1988, como resultado de una Reunión Nacional de los Coordinadores de las Instituciones del PNFAPM, posteriormente fue revisada por diferentes instancias hasta obtener una versión que fue aprobada por el consejo General universitario en 1990. La primera generación inició en 1991 y terminó en 1993, en este año fue hecha una revisión a fondo del plan de estudios en consideración de los resultados obtenidos. En 1994 fue aprobado el nuevo plan de estudios e inició la segunda generación, ya con sistema de créditos y calendario cuatrimestral.

En razón de la directriz de trabajar todos los programas académicos semestralmente, se revisó de nuevo el plan de estudios y en el presente año fue aprobada por el Campus la nueva versión, que consideró las opiniones vertidas por el consejo académico de SUPERA/ANUIES, en el sentido de disminuir el número de cursos y se dio peso crediticio al trabajo de tesis, que antes no era tomado, sino como requisito para graduación.

Para ingresar a la Maestría debe aprobarse un propedéutico que incluye ocho temas disciplinares y cuatro metodológicos. La maestría está organizada para culminar en dos años, si bien el sistema de créditos permite cierta flexibilidad. Deben acreditarse 14 asignaturas y, desarrollar y defender un proyecto de tesis para obtener el grado. Al menos cuatro de las asignaturas se desarrollan en modalidad de seminario, pues se intenta provocar la interacción, como base para el aprendizaje, de manera que se propicia que predomine esta modalidad. No existen cursos de tipo práctico, aunque varias materias se desarrollan completamente en el laboratorio de cómputo, pues se tiene la necesidad de utilizar constantemente el equipo. El uso de la computadora está presente en la mayoría de los cursos, no se utiliza más profusamente por falta de recursos suficientes, razón por la que tampoco pueden admitirse más alumnos.

Para cada asignatura se construye previamente una guía de estudio en donde se especifican contenidos, actividades a desarrollar, materiales de estudio, criterios de evaluación, problemas para resolver, autoevaluaciones, bibliografía y cronograma de actividades.

El plan se estructura sobre tres ejes, que se intenta estén balanceados: el eje disciplinar, que es el central, pues se parte de la idea de que los profesores deben dominar lo que van a enseñar, la matemática, antes de aprender cómo enseñarla; el de metodología de la investigación, pues se espera que los egresados sean capaces de desarrollar proyectos que contribuyan a resolver los problemas de su entorno; y el eje didáctico, dado que se desea que los egresados puedan instrumentar opciones innovadoras y utilizar los recursos tecnológicos disponibles para mejorar la enseñanza aprendizaje de la materia.

También en el presente año fue presentada una opción para desarrollar la Maestría en modalidad a distancia, que usa como principal medio de comunicación el correo electrónico, que ha sido aprobada por las instancias responsables del Campus. Se ha iniciado el trabajo con un grupo en la ciudad de Lagos y se tiene contemplado iniciar otro en la ciudad de Autlán, el próximo año.

El número de profesores de tiempo completo sólo permite admitir un número limitado de estudiantes (idealmente 15), generacionalmente, esto es, cada dos años. Se pretende que para el año 2006 sea posible admitir un promedio de 30 alumnos por sede (Guadalajara, Lagos y Autlán), dando como resultado un total de 90 alumnos por cada generación.

La Maestría incluye 14 asignaturas, de las cuales ocho son obligatorias. Abarca cuatro seminarios, uno por semestre y las otras seis son opcionales.

El estudiante podrá escoger de acuerdo con su tutor y en consideración de los recursos disponibles, las materias opcionales que correspondan a su área de interés.